Zeebrugge is gelegen aan de Noordzee op de 51e breedtegraad en heeft bijgevolg een gematigd zeeklimaat.
De jaarlijkse gemiddelde temperatuur bedraagt 10 °C. Juli en augustus zijn gemiddeld de warmste (16,9 °C) en januari en februari de koudste (3 °C) maanden.
De normale gemiddelde luchtdruk op zeeniveau bedraagt 1015,6 mbar en het gemiddelde aantal dagen met meetbare neerslag bedraagt 200 per jaar. De wind komt overwegend uit zuidwestelijke richting. Het aantal onweersdagen schommelt jaarlijks tussen 75 en 90.